Lulusan Program Studi Mikrobiologi Pertanian memiliki kompetensi dalam teknologi berbasis mikrobia untuk pertanian yaitu menguasai asas penumbuhan, isolasi, identifikasi, penyimpanan mikrobia dan pemanfaatannya dalam usaha tani yang ramah lingkungan dan berkelanjutan sehinngga mampu menunjang karir dalam industri perkebunan, perikanan, pertambangan, kesehatan, pakan, pangan, obat tradisional, dan bahan kimia.
Sarjana lulusan Mikrobiologi Departemen terpantau bekerja di PT. Great Giant Pineapple, PT BAT, PT Jarum Kudus, PT Gadjah Tunggal, PT Kalimantan Prima Coal, PT Cheil Samsung, PT Yuni Food, PT Indomilk, PT Indolakto, PT Sari Husada, , PT Bir Bintang, PT Miwon, PT Kecap Bango, PT Air Mancur, dan PT Merck. Beberapa lulusan bekerja sebagai tenaga edukatif di Perguruan Tinggi di luar UGM seperti Institut Pertanian Bogor, Universitas Sebelas Maret, Universitas Brawijaya, Universitas Satya Wacana, Universitas Pembangunan Nasional Veteran Yogyakarta, Sekolah Tinggi Perkebunan Instiper, dan Universitas Muhammadiyah Yogyakarta. Terdapat pula lulusan yang meniti karier sebagai peneliti di lembaga-lembaga penelitian, seperti Pusat Penelitian Bioteknologi Perkebunan, Pusat Penelitian Kopi dan Kakao, Pusat Penelitian dan Pengembangan Gula, Badan Pengkajian dan Penerapan Teknologi, Badan Tenaga Atom Nasional, dan Lembaga Ilmu Pengetahuan Indonesia, serta sebagai birokrat di pemerintahan antara lain di Dinas Pertanian dan Bappeda.
Sarjana lulusan program studi ini juga dimungkinkan untuk meneruskan studinya ke jenjang pendidikan yang lebih tinggi, S2 hingga S3, baik di dalam maupun luar negeri. Beberapa alumni Mikrobiologi Pertanian melanjutkan studinya di perguruan tinggi terkemuka di luar negeri, misalnya kuliah di Jepang (Osaka University, Hokkaido University, Tokyo University of Agriculture and Technology, Shizuoka University, dan Kyushu University), Belanda (University of Groningen), Inggris (University of Glasgow), Australia (Queensland University) dan China (Northeast Agricultural University).
Lulusan S3 Ilmu Pertanian, termasuk minat Studi Mikrobiologi akan menjadi Peneliti, Dosen, Birokrat, Enterpreuner.