Beban Studi Program Studi Ilmu Pertanian sebanyak 46-50 sks yang terdiri atas :
1. Mata Kuliah Wajib
Jalur reguler dengan teori sebanyak 12-16 sks
| No | Kode | Nama Mata Kuliah | sks |
| 1 | PNP20208101 | Filsafat Ilmu dan Pengetahuan | 2 |
| 2 | PNP20208102 | Kapita Selekta Pertanian | 2 |
| 3 | PNP20208103 | Seminar | 1 |
| Mata kuliah pilihan | 11-15 | ||
| Sub total | 16-20 | ||
| 4 | PNP20208001 | Proposal & ujian komprehensif | 5 |
| 5 | PNP20208002 | Disertasi | 18 |
| 6 | PNP20208003 | Publikasi Internasional (Accepted) | 7 |
| Sub total | 30 | ||
| TOTAL | 46-50 | ||
Jalur by research dengan teori sebanyak 8-10 sks
| No | Kode | Nama Mata Kuliah | sks |
| 1 | PNP20208101 | Filsafat Ilmu dan Pengetahuan | 2 |
| Mata kuliah pilihan | 6-8 | ||
| Sub total | 8-10 | ||
| 2 | PNP20208001 | Proposal & ujian komprehensif | 5 |
| 3 | PNP20208002 | Disertasi | 18 |
| 4 | PNP20208003 | Publikasi Internasional 1 (Accepted) | 7 |
| 5 | PNP20208004 | Seminar Internasional | 2 |
| 6 | PNP20208005 | Publikasi Internasional 2 (Accepted) | 7 |
| Sub total | 39 | ||
| TOTAL | 47-49 | ||
2. Matakuliah Wajib Minat Mikrobiologi Pertanian (Reguler/ Berbasis Penelitian)
| No | Kode | Nama Matakuliah | SKS |
| 1. | PNN20208001 | Bioinformatika Analisis Genom Mikroba | 2/0 |
| 2. | PNN20208002 | Mikrobiologi Molekular | 2/0 |
3. Mata Kuliah Pilihan Doktor Reguler Mikrobiologi Pertanian
| No | Kode | Nama Matakuliah | SKS |
| 1. | PNN20208103 | Bioteknologi Mikroba di Pertanian | 2/0 |
| 2. | PNN20208104 | Bioteknologi Mineral | 2/0 |
| 3. | PNN20208205 | Bioteknologi Ensim Mikroba | 2/0 |
| 4. | PNN20208206 | Mekanisme Molekular Evolusi Mikroba | 2/0 |
| 5. | PNN20208207 | Biologi Sintetik Mikroba | 2/0 |