Mikrobiologi ditakrifkan sebagai ilmu yang mempelajari mahluk hidup berukuran mikroskopis (mikrobia) meliputi bakteri, algae, protozoa, fungi, dan virus. Mikrobiologi dapat dipandang sebagai ilmu dasar yang mempelajari biologi dari mikrobia seperti Fisiologi, Taksonomi, Ekologi, dan Genetika mikrobia, dan dapat berperan sebagai ilmu terapan seperti Mikrobiologi Medik, Immunologi, Mikrobiologi Pangan, Mikrobiologi Industri, Mikrobiologi Lingkungan, dan Mikrobiologi Pertanian (Agricultural Microbiology).
Mikrobiologi Pertanian merupakan penggunaan Mikrobiologi untuk tujuan memecahkan masalah-masalah praktis di bidang pertanian. Dengan demikian dapat dirumuskan tugas dari Mikrobiologi Pertanian adalah mempelajari dan memanfaatkan mikrobia sebaik mungkin guna meningkatkan produksi pertanian baik kuantitas maupun kualitas dan menekan kemungkinan kehilangan produksi karena berbagai sebab.
Pemanfaatan mikrobia dalam produksi pertanian dilakukan melalui:
- Pemeliharaan dan peningkatan kesuburan tanah dengan memanfaatkan mikrobia yang berperan dalam siklus Nitrogen (mikrobia penambat nitrogen, mikrobia amonifikasi, nitrifikasi, dan denitrifikasi), Fosfor (mikrobia pelarut fosfat), Sulfur (Mikrobia pengoksidasi sulfur), dan Logam-logam (Fe, Cu, Mn, dan Al),
- Pemeliharaan kesehatan tanah dengan memanfaatkan mikrobia penekan organisma pengganggu tanaman (OPT),
- Pemulihan kesehatan tanah dengan memanfaatkan mikrobia pendekomposisi / penyerap senyawa-senyawa toksik terhadap mahluk hidup (Bioremediasi),
- Pemacuan pertumbuhan tanaman dengan memanfaatkan mikrobia penghasil fitohormon.
Departemen Mikrobiologi Pertanian memiliki 1 Program Studi jenjang S1 (Program Studi Mikrobiologi Pertanian) dan 1 Program Minat Studi jenjang S3 (Minat Studi Mikrobiologi Pertanian Program Studi S3 Ilmu Pertanian).
Program Studi Mikrobiologi Pertanian (S1) bertujuan menghasilkan lulusan yang:
- Memiliki integritas kepribadian yang tinggi;
- Memiliki kemampuan kepemimpinan dan etika profesional;
- Memiliki kemampuan bekerja atau meneruskan pendidikan ke jenjang pendidikan yang lebih tinggi;
- Mampu menghadapi situasi yang baru dalam profesinya sebagai sarjana pertanian yang memiliki kompetensi di bidang mikrobiologi pertanian;
- Mempunyai motivasi untuk mengikuti perkembangan teknologi dan ilmu pengetahuan mikrobiologi pertanian;
- Mampu menyelesaikan masalah dengan menerapkan asas mikrobiologi pertanian dan pemikiran analitis;
- Dapat bekerja sama dalam tingkat lokal, nasional, regional, maupun internasional.
Kompetensi lulusan Program Studi Mikrobiologi Pertanian (S1):
Lulusan Program Studi Mikrobiologi Pertanian memiliki kompetensi dalam teknologi berbasis mikrobia untuk pertanian yaitu menguasai asas penumbuhan, isolasi, identifikasi, penyimpanan mikrobia dan pemanfaatannya dalam usaha tani yang ramah lingkungan dan berkelanjutan; dan mampu merancang, menganalisis, merencanakan, menerapkan, dan memelihara sistem pemanfaatan mikrobia dalam usaha tani yang ramah lingkungan dan berkelanjutan.
Minat Studi Mikrobiologi Pertanian (S3) memiliki fokus penguasaan dan pengembangan ilmu mikrobiologi pertanian yang mendalam dan komprehensif untuk mendukung produksi pangan secara cerdas dan ramah lingkungan (smart eco-bioproduction). Tujuan minat studi ini adalah untuk menghasilkan lulusan yang menguasai pengetahuan mendalam tentang biologi, rekayasa dan perbanyakan mikroorganisme, interaksinya dengan tanaman dan lingkungan, serta pemanfaatannya dalam mewujudkan penyediaan pangan sehat.
Tujuan Minat Studi Mikrobiologi Pertanian Program Studi S3 Ilmu Pertanian:
Tujuan penyelenggaraan Program Doktor adalah untuk menghasilkan dan membekali Doktor dalam bidang ilmu pertanian dan perikanan yang: (1) mampu menemukan konsep/teori, ilmu dan teknologi di bidang pertanian, perikanan dan kelautan yang berbasis komoditas dan wilayah ekologi, ekonomi dan sosial, (2) mampu mengelola, memimpin, dan mengembangkan program penelitian dan pengabdian masyarakat, (3) mampu melakukan pendekatan interdisipliner dalam berkarya di bidang pertanian, perikanan dan kelautan.