Departemen Mikrobiologi Pertanian menyediakan sarana dan prasarana untuk menunjang keberlangsungan kegiatan perkuliahan. Sarana dan prasarana tersebar dalam beberapa gedung di Fakultas Pertanian, diantaranya adalah:
- Gedung A1 lantai 3 yang terdiri dari Ruang Administrasi, Ruang Dosen (Prof. Ir. Triwibowo Yuwono, Ph.D., Ir. Donny Widiant0, Ph.D., dan Ir. Ngadiman, M.Si., Ph.D.) dan Perpustakaan Mikrobiologi
- Gedung A2b lantai 1 yang terdiri dari Lab. Mikrobiologi Barat, Lab. Mikrobiologi Timur, Ruang Bahan, Ruang Preparasi, Ruang Inokulasi Bakteri, Ruang Inokulasi Jamur, Ruang Penyimpanan Isolat dan Ruang Dosen (Prof. Ir. Irfan D. Prijambada, M.Eng., Ph.D., Dr. Ir. Sri Wedhastri, M.S., Nur Akbar Arofatullah, S.P., M.Biotech., Ph.D., dan Desi Utami, S.P., M.Sc., Ph.D.)
- Laboratorium Terpadu Agrokompleks lantai 1 yang terdiri dari Lab. Penelitian Utara, Lab. Penelitian Selatan, Lab. Pendidikan/Lab. Biokimia, Ruang Instrumen, Ruang Bahan, Ruang Staf, Ruang Sidang, dan Ruang Dosen (Ir. Jaka Widada, M.P., Ph.D. dan Agung Dian Kharisma, S.Pd.Si., M.Biotech., Ph.D.)
- Gedung Agrotropica Learning Center (AGLC) lantai 4 yang terdiri dari Ruang Administrasi, Ruang Bahan Kimia, Laboratorium Mikrobia Tanah dan Lingkungan, Laboratorium Genetika Mikrobia, Laboratorium Fisiologi Mikrobia, Laboratorium Ekologi Mikrobia, dan Ruang Dosen (M. Saifur Rohman, M.Eng., Ph.D., Ahmad Suparmin, S.P., M.AgrSc., Ph.D., dan Susanti Mugi Lestari, S.P., M.Si., Ph.D.)